เดิมที มีการมอบตำแหน่งเซอิไทโชกุนให้แก่ผู้นำทหารในต้นยุคเฮอังช่วงที่มีการสงครามต่อต้านกลุ่มเอมิชิซึ่งไม่ยอมรับอำนาจของราชสำนักเคียวโตะ ผู้ดำรงตำแหน่งคนแรก คือ โอโตโมะ โนะ โอโตมาโระ[3] ผู้ดำรงตำแหน่งคนที่เลื่องชื่อที่สุด คือ ซากาโนอูเอะ โนะ ทามูรามาโระ

ปลายยุคเฮอัง มีการตั้งผู้ดำรงตำแหน่งดังกล่าวอีกเพียงคนเดียว คือ มินาโมโตะ โนะ โยชินากะ ในช่วงสงครามเก็มเป แต่อยู่ในตำแหน่งไม่นานเขาก็ถูกมินาโมโตะ โนะ โยชิตสึเนะ คู่แข่ง สังหาร